Moscoso informa sobre catorce ingenios del siglo XVI: en Toa (4), Bayamón (3), Loíza (3), y los demás en Canóvanas, Yabucoa y Caparra, además del San Juan de las Palmas. Excepto por cuatro hidráulicos, los demás eran movidos por caballos: –Los tres ingenios de fuerza hidráulica listados aquí para la zona norte usaban molinos de muela vertical. Suponemos que los ingenios de caballos cuyos molinos no se identifican hayan sido del mismo tipo.– De todos, solo cuatro fueron financiados por la Corona. Los demás utilizaron otras fuentes de capital, como el generado por la minería, el comercio transatlántico o el contrabando. Según Reichard, el maestro en la construcción de molinos de fuerza hidráulica en la isla fue un canónigo venido de las Islas de Cabo Verde, Fray Diego Lorenzo.
En 1540, Rodrigo Franquéz [sic] fundó el primer ingenio del valle de Loíza con el auxilio de un préstamo que pidió al Cabildo. Franquéz había llegado a Puerto Rico en 1530, se estuvo dedicando a la búsqueda de oro y eventualmente se estableció como estanciero, cultivando conucos de yuca y maizales en el área de Loíza. En 1540 informó que hacía dos años que se concentraba en el cultivo de caña de azúcar, y solicitó un préstamo para montar “un ingenio de manos o de caballos”. Franquéz proyectaba producir en cuatro meses más de 500 arrobas, o 12,500 libras de azúcar. El inventario de 1541 de la hacienda informa entre sus propiedades calderas, formas de barro, ollas de cobre y otros utensilios, además 25 caballos y una yunta de bueyes con su carreta, 3,500 montones de yuca, una fanega (1.6 cuerdas) de maíz y cien cerdos. El cabildo le concedió un préstamo de 300 pesos, aparentemente para instalar un trapiche de caballos.
En 1548, Gregorio de Santa Olaya fundó en Bayamón un ingenio de caballos con el nombre de Santa Ana, y otro de fuerza hidráulica en el Valle del Toa en 1549 llamado Nuestra Señora del Valle Hermoso. Alonso Pérez Martel, con 1,500 pesos facilitados a préstamo por la Real Hacienda en 1549, también estableció un ingenio movido por fuerza hidráulica en el Toa, el cual llegó a contar con 74 esclavos africanos. Según el cronista Melgarejo, los once ingenios que existían para 1589 produjeron unas 190 toneladas de azúcar. Melgarejo también señala que había habido otros que fueron abandonados tras ataques de indios o corsarios.
Llama la atención la frecuencia con la cual estos ingenios cambiaban de dueño, debido evidentemente al nivel de endeudamiento al que llegaron y lo costoso y arriesgado de la empresa. También eran frecuentes los problemas entre herederos. La mayoría de los que cerraban vendían la mayor parte de sus esclavos fuera de la Isla.
La mayoría de las estructuras de las haciendas del Siglo XVI eran de mampostería. Tenían casas para el personal y estaban preparadas para defenderse de ataques de piratas o Caribes.
Un inventario del 1570 citado por Moscoso del ingenio La Trinidad da una idea general de las dimensiones sociales, técnicas y agropecuarias asociadas a la economía azucarera esclavista de esa época:
- Casa de aposento de madera.
- Casa de molienda de piedra, con su rueda de agua y dos prensas asentadas con sus cuatro cajas de exprimir bagazo.
- Casa de purgar de piedra, con 1,000 formas de barro (para azúcar) y 50 sinos (para mieles).
- Iglesia.
- Bohíos de paja para los esclavos negros.
- Cinco calderas de cobre grandes, asentadas. –Se refiere con esta línea y con la que sigue a recipientes de cobre colocados cada uno sobre una hornalla de ladrillo (asentados) para hacer hervir su contenido por medio del fuego que cada uno tenía debajo
- Tres tachos de cobre, asentados.
- Treinta yuntas de bueyes y diez carretas viejas y nuevas con sus yugos. –Las 10 carretas pueden haber necesitado las 30 yuntas. Normalmente en la zafra se usa una yunta en la mañana y otra en la tarde, y en zonas de más inclinación hacen falta dos yuntas a la vez para subir o bajar una carreta llena de caña o leña.
- Tres caballos y dos mulas de servicio.
- Ocho suertes de cañas dulces.
- Cuarenta cinco esclavos negros (treinta y tres hombres, doce mujeres).
